X-Men ekibi dünyayı ve dünya halkını korumaya kendini adamış iken aniden gelen bir yardım çağrısına kulak verir. Bu yardım çağrısı uzaydan gelmektedir, insanoğlunun ilk uzaya çıkış deneyişi başarısızlıkla sonuçlanmış ve astronotlar uzay mekiğinde mahsur kalmıştır. İnsanlar tarafından pek hoş görülmeyen mutant ırkı öncüleri X-Men ekibi bu çağrıya cevap vermiş ve jetlerini uzaya çıkmak için geliştirmiştir. Bu ekipte Raven, Quicksilver, Cyclops, Nightcrawler ve Phoenix vardır. X jetini uçurmayı bilen tek kişi Beast’de onlara katılır ve uzaya çıkarlar. Uzayda olağanüstü bir kozmik enerji, insanoğlunun uzaya çıkma macerasına engel olmuştu ve hala uzay mekiğini yakıyordu o sırada X-Men ekibi gelir ve astronotları tek tek kurtarır.

X-Men ve ekibi bütün astronotları kurtardıklarını düşünürken, kurtarılan bir astronot kendine gelir ve motor dairesinde de bir arkadaşı olduğunu söyler, ama uzay mekiği patlamak üzeredir. X-Men ve ekibi arkada kimseyi bırakmak istemez.
Bunun üzerine Nightcrawler, Phoenix’i mekiğe ışınlar ve mekiğin parçalanmasını engeller. Bu sırada mekiği yakan şey toplanır ve bir Anka kuşuna dönüşür. Phoenix’in, yani Jean Grey’in kafasında bir şeyler oluyordur ve birileri onla konuşmaya çalışıyordur. Jean kontrolünü kaybeder ve o sırada büyük bir patlama olur. Nightcrawler son astronotu da alarak X jetine geri döner, fakat Jean’ i alamadan ve uzay mekiği patlar.

Uzayda insanoğlunun daha önce görmediği bir büyüklükte bir patlama olur. Ama X jeti ileri teknolojisi sayesinde hasar almaz. Herkes sessiz ve şaşkındır. Çünkü uzayda hiçbir şey kalmamıştır, tek gözüken Phoenix’in süzülen vücududur. Bütün ekip ne olduğunu anlamaya çalışırken, Nightcrawler ışınlanıp onu jetin içine alır. Jean kendine gelir ve eskisinden de iyi hissediyordur. Dünya’ya indiklerinde bir kahraman gibi karşılanan X-Men ekibi çok mutludur ve onları birleştiren Charles Xavier de onlarla gurur duyuyor, fakat aynı gece Jean kontrolünü kaybeder ve dünyanın sarsılmasına neden olur. X-Men Dark Phoenix 2019 Xavier’in yeni kazandığı özelliği üzerine kurulan bir güç birliğinden ortaya çıkar.